Als im Jahr 2006 Michael Spindelegger zum Zweiten Nationalratspräsidenten gewählt wurde, betraute er Danninger mit der Leitung seines Büros.
Im Jahr 2009 wechselte Jochen Danninger ins Bundesministerium für europäische und internationale Angelegenheiten, wo er die Position des Kabinettchefs bekleidete. In den dem Nationalratswahlkampf 2013 nachgelagerten Regierungsverhandlungen nahm Danninger eine zentrale Rolle ein. Als Koordinator der Regierungsverhandlungen für die ÖVP liefen bei ihm alle Fäden zusammen.
Am 16. Dezember 2013 wurde Jochen Danninger als Staatssekretär für Finanzen der Regierung Kabinett Faymann II angelobt. Im August 2014 schied er im Zuge der Regierungsumbildung nach dem Rücktritt von Finanzminister Michael Spindelegger aus dieser Funktion aus. Auch seine Tätigkeit als Regierungskoordinator der ÖVP legte Danninger zurück. Seit Jänner 2015 ist er für den Bereich Nachhaltigkeit und Corporate Social Responsibility bei der im Eigentum des Landes Niederösterreich befindlichen Hypo Noe Gruppe verantwortlich. Ab September 2017 wechselte er als kaufmännischer Geschäftsführer zur Ecoplus.
Bei der Landtagssitzung am Donnerstag, den 27. Februar 2020 wurde er zum Landesrat für Wirtschaft, Tourismus und Sport gewählt und folgt in dieser Funktion Petra BOHUSLAV nach, welche als kaufmännische Direktorin in die Wiener Staatsoper wechselt.
Seitens des Bezirkes Hollabrunn wünschte Landtagsabgeordneter Bgm. Richard HOGL dem neuen Regierungsmitglied alles Gute!
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